Der erste bekannte Bewohner der Burg Wellhausen war ein Dienstmann des Klosters Reichenau. Während eines Streits mit Zürich wurde die Burg 1259 niedergebrannt. Den Herren von Wellhausen folgten die Ritter von Spiegelberg und später die Herren von Strass. Durch Kauf ging der Besitz anschliessend an das Geschlecht der Hohenlandenberg. Nach verschiedenen Handänderungen erwarb im 16. Jahrhundert eine in Ulm wohnhafte Konstanzer Patrizierfamilie die Burg. In der wechselvollen Geschichte der Burg Wellhausen spielte der Stand Zürich eine nicht unbedeutende Rolle. Eine ganze Reihe von Zürcher Obervögten residierte nämlich im Schloss und verwaltete von hier aus ihre Gerichte Wellhausen, Thundorf, Hüttlingen, Mettendorf und Lustdorf. Am 24. März 1900 übernahm Hauptmann Schenkel, der frühere Verwalter des Schlossgutes Steinegg, aus den Händen der Berner Familie Bienz den Wellenberg. Dessen Nachkommen bewohnen es heute noch.
Nicht im Mittelpunkt, aber historisch eines der wertvollsten Gebäude der Gemeinde Felben-Wellhausen ist die am Nordrand des Dorfes stehende Kirche. Schon im 9. Jahrhundert soll hier eine Kapelle gestanden haben. 1450 stiftete die Witwe des Rudolf von Hünenberg eine Kaplaneipfründe zu Ehren «Unserer lieben Frau». 1530 nahm das Dorf die neue Lehre an. 1728 entschloss sich die Kirchgemeinde zu einem Erweiterungsbau, da zu wenig Stühle vorhanden waren, weil von der Kanzel damals auch die Erlasse und Gebote der Dorfbehörden und Landesoberen verkündet wurden. Schon am 4. September 1729 hielt Pfarrer Mörikofer in der neuen, erweiterten Kirche die erste Predigt. Seither wurde sie einige Male Renovationen unterzogen.
1850 wurde an der heutigen Weinfelderstrasse von der Bürgergemeinde Wellhausen für 8000 Gulden das Schulhaus mit Zeit- und Glockenentürmchen errichtet. Mit den Auflagen des Zeitrichtens, des Läutens des aus dem Jahr 1777 stammenden Glöckleins bei Beginn von Versammlungen, der Weinernte und bei Bränden oder Wassernöten übergab die Bürgergemeinde Wellhausen das neue Schulhaus 1869 der Schuleinwohnergemeinde. Mit der Errichtung der Schulanlage an der Bahnhofstrasse übernahm die Elektra Wellhausen das ausgediente Schulhaus. Das Haus beherbergte noch weitere Jahre den neu gegründeten Kindergarten. Heute befindet es sich im Eigentum des Elektrizitätswerkes der Gemeinde Felben-Wellhausen und wird als Wohnhaus genutzt.
Beim Wohnhaus an der Hauptstrasse 49 handelt es sich um einen prachtvollen Riegelbaukomplex. Die bedeutendsten Elemente sind der strassenseitige Kopfbau mit dem Krüpelwalmdach und die altertümlichen Langstreben an der Westwand. Ebenso sind die schön geriegelten Brüstungsfelder im ersten Stock sowie die verbretterten Fensterwagen im Zweiten- und im Giebelgeschoss bemerkenswert. Über dem Portal findet sich heute ein Stein mit der Inschrift «17HCB12». Die Jahrzahl 1712 deutet vermutlich auf einen früheren Umbau dieses Hauses hin. Das Baujahr ist unbekannt. Es konnte nach langjähriger Verlotterung vor dem Abbruch bewahrt werden und ist durch inneren Umbau und äusseren Ausbau zu neuen Ehren gekommen.
Auf dem hohen First, der die beiden gestaffelten Giebelmauern verbindet, dreht sich eine eiserne Wetterfahne. Die darin eingelassene Jahreszahl 1676 deutet wohl auf das Erbauungsjahr und die Buchstaben CK auf den Erbauer Conrad Kauf, Vogt der Herrschaft Wellenberg hin. Ueber dem Kellergeschoss mit früherer Trotte liegt im ersten Stock die Stube der «Gerichtsschreiberei", die dem Haus auch den Namen Gerichtshaus gab. Hierin wirkte nach den Kaufen der letzte Gerichtsschreiber und spätere Verwalter der Herrschaft Wellenberg, Johann Rudolf Orell, von Zürich.
Gegenüber der Kirche, an der Wiesenstrasse 46, erhebt sich das einstige alte Pfarrhaus. Mit seiner Bauart hebt es sich auffällig von den umliegenden Häusern ab. Das lässt die Vermutung aufkommen, dass es vielleicht von einem stadtzürcherischen Baumeister geplant worden war. Pfarrer Mörikofer hat sich mehrere Male beim Zürcher Rat über den sehr baufälligen Zustand des Pfarrhauses beklagt und um höchst notwendige Reparation und Verbesserung gebeten. Ob er von seiner Oberbehörde erhört und sie 1712 zu einem Neubau hat veranlassen können?
Zuoberst im alten Dorfkern steht die Mühle. Sie wird schon im 14. Jahrhundert in Urkunden genannt. 1668 hat Caspar Kauf, Vogt von Wellhausen, die Mahl- und Rellmühle zu Lehen übernommen. 1778 geht die Mühle an Bürgermeister Hans Ulrich Freyenmuth und 1825 an Joachim Peter. Heute steht der Mühle- und Sägereibetrieb still, die Nachkommen betreiben Landwirtschaft.